在不久的将来，围绕神秘外星物质 Tiberium 持续数十年的战争之后，Command & Conquer 3: Tiberium Wars 讲述了 Brotherhood of Nod 发动全面战争，以及强大的外星种族 Scrin 重返地球的故事。玩家将扮演 Global Defense Initiative (GDI) 的指挥官，率领军队在被 Tiberium 致命扩散不断侵蚀的世界中奋战，努力守护人类文明。随着战争不断升级，这场冲突很快超越了 GDI 与 Nod 之间的对抗，逐步揭开 Tiberium 的古老秘密，以及神秘领袖 Kane 的真正目的。在不断变化的联盟、宏大的战争场面以及关乎人类未来的较量中，游戏呈现了一段融合科幻、政治阴谋与全面战争的史诗故事。