近未来、謎の地球外物質 Tiberium をめぐる長年の戦争の末、Command & Conquer 3: Tiberium Wars は Brotherhood of Nod による大規模な侵攻と、強大な異星種族 Scrin の帰還から始まります。プレイヤーは Global Defense Initiative (GDI) の司令官として、致命的に拡大する Tiberium に侵食された世界で軍を率い、人類文明を守るために戦います。やがて戦いは GDI と Nod の対立を超え、Tiberium に隠された古代の秘密や、謎多き指導者 Kane の真の目的が明らかになっていきます。変化する同盟、壮大な戦闘、そして人類の未来を懸けた戦いが、SF、政治的陰謀、そして全面戦争を融合させた壮大な物語を描きます。