Ambientado en un futuro cercano, tras décadas de conflicto por la misteriosa sustancia alienígena Tiberium, Command & Conquer 3: Tiberium Wars narra una invasión a gran escala liderada por la Brotherhood of Nod y el regreso de la poderosa raza extraterrestre conocida como Scrin. Como comandante de la Global Defense Initiative (GDI), el jugador dirige fuerzas militares a través de un mundo cada vez más devastado por la expansión letal del Tiberium, luchando por proteger a la humanidad. Pronto, la guerra deja de ser un simple enfrentamiento entre GDI y Nod, revelando antiguos secretos sobre el Tiberium y las verdaderas intenciones del enigmático Kane. Con alianzas cambiantes, enormes batallas y una carrera por asegurar el futuro de la civilización, la historia combina ciencia ficción, intriga política y guerra a gran escala.