निकट भविष्य में, रहस्यमयी बाहरी पदार्थ Tiberium को लेकर दशकों से चले आ रहे संघर्ष के बाद, Command & Conquer 3: Tiberium Wars की कहानी Brotherhood of Nod द्वारा शुरू किए गए विशाल युद्ध और शक्तिशाली एलियन जाति Scrin की वापसी के साथ आगे बढ़ती है। खिलाड़ी Global Defense Initiative (GDI) के एक कमांडर की भूमिका निभाता है और तेजी से Tiberium से नष्ट होती दुनिया में मानव सभ्यता की रक्षा के लिए अपनी सेनाओं का नेतृत्व करता है। जल्द ही यह संघर्ष केवल GDI और Nod के बीच की लड़ाई नहीं रह जाता, बल्कि Tiberium के प्राचीन रहस्यों और रहस्यमयी नेता Kane की वास्तविक योजनाओं का भी खुलासा करता है। बदलते गठबंधनों, विशाल युद्धों और मानवता के भविष्य की लड़ाई के बीच, यह कहानी विज्ञान-कथा, राजनीतिक साज़िश और व्यापक युद्ध का रोमांचक मिश्रण प्रस्तुत करती है।