Em um futuro próximo, após décadas de conflitos em torno da misteriosa substância alienígena Tiberium, Command & Conquer 3: Tiberium Wars acompanha uma invasão em grande escala liderada pela Brotherhood of Nod e o retorno da poderosa raça extraterrestre conhecida como Scrin. Como comandante da Global Defense Initiative (GDI), o jogador lidera forças militares por um mundo cada vez mais devastado pela expansão mortal do Tiberium, lutando para proteger a civilização. A guerra rapidamente deixa de ser apenas um conflito entre GDI e Nod, revelando antigos segredos sobre o Tiberium e as verdadeiras intenções do enigmático Kane. Com alianças em constante mudança, batalhas épicas e uma corrida para garantir o futuro da humanidade, a história combina ficção científica, intriga política e guerra em grande escala.