Действие Command & Conquer 3: Tiberium Wars разворачивается в недалёком будущем после десятилетий борьбы за загадочное инопланетное вещество Tiberium. История начинается с масштабного наступления Brotherhood of Nod и возвращения могущественной внеземной расы Scrin. Игрок принимает на себя роль командира Global Defense Initiative (GDI), возглавляя войска в мире, который всё сильнее разрушается из-за смертоносного распространения Tiberium, чтобы спасти человеческую цивилизацию. Вскоре война выходит далеко за рамки противостояния GDI и Nod, раскрывая древние тайны Tiberium и истинные цели загадочного лидера Kane. Меняющиеся союзы, грандиозные сражения и борьба за будущее человечества создают захватывающий сюжет, сочетающий научную фантастику, политические интриги и тотальную войну.