في مستقبلٍ قريب، وبعد عقودٍ من الصراع حول المادة الفضائية الغامضة Tiberium، تدور أحداث Command & Conquer 3: Tiberium Wars مع اندلاع غزوٍ واسع تقوده Brotherhood of Nod وعودة العرق الفضائي القوي المعروف باسم Scrin. يتولى اللاعب دور قائد في Global Defense Initiative (GDI)، حيث يقود القوات العسكرية عبر عالمٍ يزداد دمارًا بسبب الانتشار القاتل لـ Tiberium، ساعيًا لحماية البشرية من الانهيار. وسرعان ما تتجاوز الحرب كونها مجرد مواجهة بين GDI وNod، لتكشف أسرارًا قديمة حول Tiberium والدوافع الحقيقية للزعيم الغامض Kane. ومع تغير التحالفات واحتدام المعارك الضخمة، يصبح مستقبل البشرية على المحك في صراع يمزج بين الخيال العلمي، والمؤامرات السياسية، والحروب الشاملة.