Command & Conquer: Red Alert 3 - Uprising 的故事发生在 Command & Conquer: Red Alert 3 之后，通过多条相互关联的剧情，讲述盟军战胜苏联后的世界局势。战败的苏联努力重建满目疮痍的国家，Empire of the Rising Sun 在崩溃后为生存而奋战，而盟军则试图在日益加剧的动荡中维持世界和平。与此同时，神秘的 FutureTech Corporation 正秘密进行危险实验，可能再次改变全球势力平衡。玩家将在四条独立战役中指挥不同阵营，揭开层层阴谋，面对更加强大的新式武器，并与企图改写历史的野心领袖展开激战。Uprising 并未围绕单一主角展开，而是通过描绘政治阴谋、背叛以及战后仍持续不断的冲突，进一步扩展了 Red Alert 的世界观。