Ambientado después de los acontecimientos de Command & Conquer: Red Alert 3, Uprising presenta una serie de historias interconectadas que exploran las consecuencias de la victoria de los Aliados sobre la Unión Soviética. Mientras los soviéticos derrotados intentan reconstruir su nación devastada, Empire of the Rising Sun lucha por sobrevivir tras su colapso, y los Aliados tratan de mantener la paz mundial en medio de una creciente inestabilidad. Entre las sombras, FutureTech Corporation lleva a cabo peligrosos experimentos capaces de alterar nuevamente el equilibrio de poder. A lo largo de cuatro campañas diferentes, los jugadores lideran diversas facciones, descubren conspiraciones, se enfrentan a nuevas armas devastadoras y combaten contra líderes ambiciosos decididos a cambiar la historia. En lugar de centrarse en un único protagonista, Uprising amplía el universo de Red Alert mostrando las intrigas políticas, las traiciones y los conflictos que continúan incluso después del final de la guerra.