Ambientado após os acontecimentos de Command & Conquer: Red Alert 3, Uprising apresenta uma série de histórias interligadas que exploram as consequências da vitória dos Aliados sobre a União Soviética. Enquanto os soviéticos derrotados tentam reconstruir sua nação devastada, Empire of the Rising Sun luta para sobreviver após seu colapso, e os Aliados procuram manter a paz mundial em meio ao crescente caos. Nas sombras, a FutureTech Corporation conduz experimentos perigosos capazes de alterar novamente o equilíbrio de poder. Ao longo de quatro campanhas distintas, os jogadores comandam diferentes facções, descobrem conspirações, enfrentam novas armas poderosas e combatem líderes ambiciosos determinados a mudar o rumo da história. Em vez de acompanhar um único protagonista, Uprising expande o universo de Red Alert ao revelar intrigas políticas, traições e conflitos que continuam mesmo depois do fim da guerra.