Command & Conquer: Red Alert 3 の後を描く Uprising は、連合軍がソビエト連邦に勝利した後の世界を舞台にした複数の物語で構成されています。敗北したソビエトは荒廃した祖国の再建に苦しみ、Empire of the Rising Sun は崩壊後の生き残りを懸けて戦います。一方で連合軍は、不安定さが増す世界で平和の維持に努めます。その陰では、FutureTech Corporation が勢力図を再び塗り替えかねない危険な実験を進めています。4つの異なるキャンペーンを通じて、プレイヤーはさまざまな勢力を指揮し、陰謀を暴き、新たな強力な兵器や歴史を変えようとする野心的な指導者たちと戦います。一人の主人公に焦点を当てるのではなく、Uprising は政治的駆け引きや裏切り、そして戦争終結後も続く対立を描くことで Red Alert の世界をさらに広げています。