تدور أحداث Command & Conquer: Red Alert 3 - Uprising بعد نهاية أحداث Command & Conquer: Red Alert 3، حيث تروي مجموعة من القصص المترابطة التي تستكشف مرحلة ما بعد انتصار الحلفاء على الاتحاد السوفيتي. بينما يكافح السوفييت المهزومون لإعادة بناء أمتهم المدمرة، تقاتل Empire of the Rising Sun من أجل البقاء بعد انهيارها الكبير، في حين يحاول الحلفاء الحفاظ على السلام العالمي وسط اضطرابات متزايدة. وفي الخفاء، تواصل شركة FutureTech Corporation أبحاثًا وتجارب خطيرة قد تعيد تشكيل ميزان القوى من جديد. عبر أربع حملات مختلفة، يقود اللاعب جيوش الفصائل المتنوعة، ويكشف المؤامرات، ويواجه أسلحة متطورة وقادة طموحين يسعون لتغيير مجرى التاريخ. وبدلاً من التركيز على بطل واحد، توسّع اللعبة عالم Red Alert من خلال استعراض الصراعات السياسية والخيانة والنزاعات المتصاعدة التي تستمر حتى بعد انتهاء الحرب.