Command & Conquer: Red Alert 3 की घटनाओं के बाद आधारित Uprising कई आपस में जुड़ी कहानियाँ प्रस्तुत करता है, जो मित्र राष्ट्रों की जीत के बाद की दुनिया को दर्शाती हैं। पराजित सोवियत अपने बर्बाद राष्ट्र के पुनर्निर्माण में जुटे हैं, जबकि Empire of the Rising Sun अपने पतन के बाद अस्तित्व बचाने के लिए संघर्ष कर रहा है। दूसरी ओर, मित्र राष्ट्र बढ़ती अशांति के बीच वैश्विक शांति बनाए रखने का प्रयास करते हैं। इसी दौरान, रहस्यमयी FutureTech Corporation ऐसे खतरनाक प्रयोग कर रही है जो शक्ति संतुलन को फिर से बदल सकते हैं। चार अलग-अलग अभियानों में खिलाड़ी विभिन्न गुटों का नेतृत्व करते हैं, षड्यंत्रों का पर्दाफाश करते हैं, नई शक्तिशाली हथियार प्रणालियों का सामना करते हैं और इतिहास बदलने की महत्वाकांक्षा रखने वाले नेताओं से लड़ते हैं। किसी एक नायक पर केंद्रित होने के बजाय, Uprising Red Alert के संसार को राजनीतिक साज़िशों, विश्वासघात और युद्ध के बाद भी जारी संघर्षों के माध्यम से और अधिक विस्तृत बनाता है।