Se déroulant après les événements de Command & Conquer: Red Alert 3, Uprising raconte une série d'histoires liées qui explorent les conséquences de la victoire des Alliés sur l'Union soviétique. Alors que les Soviétiques vaincus tentent de reconstruire leur nation dévastée, Empire of the Rising Sun lutte pour survivre après son effondrement, tandis que les Alliés essaient de préserver la paix mondiale face à une instabilité grandissante. Dans l'ombre, FutureTech Corporation mène de dangereuses expériences susceptibles de bouleverser une nouvelle fois l'équilibre des puissances. À travers quatre campagnes distinctes, les joueurs dirigent différentes factions, dévoilent des conspirations, affrontent de nouvelles armes redoutables et combattent des dirigeants ambitieux déterminés à réécrire l'histoire. Plutôt que de suivre un seul héros, Uprising enrichit l'univers de Red Alert en révélant les intrigues politiques, les trahisons et les conflits qui perdurent même après la fin de la guerre.