Действие Command & Conquer: Red Alert 3 - Uprising разворачивается после событий Command & Conquer: Red Alert 3 и представляет собой несколько взаимосвязанных историй, посвящённых последствиям победы Союзников над Советским Союзом. Побеждённые Советы пытаются восстановить разрушенную страну, Empire of the Rising Sun борется за выживание после своего краха, а Союзники стремятся сохранить мировой порядок на фоне нарастающей нестабильности. Тем временем таинственная FutureTech Corporation проводит опасные эксперименты, способные вновь изменить баланс сил. В четырёх отдельных кампаниях игроки управляют различными фракциями, раскрывают заговоры, сталкиваются с новым смертоносным оружием и сражаются с честолюбивыми лидерами, стремящимися изменить ход истории. Вместо истории одного героя Uprising расширяет вселенную Red Alert, показывая политические интриги, предательства и конфликты, которые продолжаются даже после окончания войны.