Bionic Commando: Rearmed讲述了特工Nathan “R.A.D.” Spencer的故事，他在一次失败的军事实验后获得了一条强大的生化机械手臂。当联邦发现旧帝国政权试图重新启动名为“Albatross”的毁灭性武器计划时，他被派往执行一项关键任务。在行动中，Spencer潜入由Badds Empire控制的高度防御区域。他的主要目标是营救传奇特工Super Joe，他掌握着敌方计划的重要情报。随着深入任务，他逐渐揭开Albatross计划的真相以及帝国重塑全球格局的野心。他利用生化手臂在建筑间摆荡、攀爬结构并消灭敌人。越深入，他越面对背叛与战争的代价。最终，他必须突破最后防线，阻止“Albatross”的启动。