Bionic Commando: Rearmed рассказывает историю Нейтана “R.A.D.” Spencer, спецоперативника, получившего мощную бионическую руку после неудачного военного эксперимента. Его отправляют на важную миссию, когда Федерация узнаёт, что старый имперский режим пытается возродить разрушительный проект оружия под названием “Albatross”. В ходе операции Спенсер проникает на хорошо укреплённые территории, контролируемые Империей Badds. Его главная задача — спасти легендарного агента Super Joe, обладающего важной информацией о планах врага. По мере продвижения он раскрывает правду о проекте Albatross и намерениях Империи изменить мировой баланс сил. Используя бионическую руку, он перемещается по платформам, взбирается на здания и уничтожает врагов. Чем глубже он продвигается, тем больше сталкивается с предательством и ценой войны. В конце он должен преодолеть последние оборонительные рубежи, чтобы остановить активацию “Albatross”.