Bionic Commando рассказывает историю Нэйтана “Rad” Спенсера, бывшего элитного солдата, приговорённого к смерти после предательства со стороны собственного правительства. Незадолго до его казни террористическая организация взрывает загадочное экспериментальное оружие, погружая город в хаос. Взрыв запускает цепь странных событий, связанных с секретным военным проектом, основанным на передовых биотехнологиях. Спенсер получает шанс на искупление, когда его уникальная бионическая рука, способная цепляться и раскачиваться между объектами, становится ключом к передвижению по разрушенному городу. Ему поручают спасти похищенного правительственного агента и раскрыть правду о заговоре, и он углубляется во вражескую территорию. Сражаясь с противниками, он понимает, что произошедшее не было случайностью. Чем дальше он продвигается, тем больше раскрывает сеть лжи, связывающую его прошлое, армию и катастрофу. В итоге его миссия превращается одновременно в борьбу за выживание и личный путь к восстановлению своего имени.

Bionic Commando: Rearmed рассказывает историю Нейтана “R.A.D.” Spencer, спецоперативника, получившего мощную бионическую руку после неудачного военного эксперимента. Его отправляют на важную миссию, когда Федерация узнаёт, что старый имперский режим пытается возродить разрушительный проект оружия под названием “Albatross”. В ходе операции Спенсер проникает на хорошо укреплённые территории, контролируемые Империей Badds. Его главная задача — спасти легендарного агента Super Joe, обладающего важной информацией о планах врага. По мере продвижения он раскрывает правду о проекте Albatross и намерениях Империи изменить мировой баланс сил. Используя бионическую руку, он перемещается по платформам, взбирается на здания и уничтожает врагов. Чем глубже он продвигается, тем больше сталкивается с предательством и ценой войны. В конце он должен преодолеть последние оборонительные рубежи, чтобы остановить активацию “Albatross”.