تدور قصة Bionic Commando حول ناثان “Rad” سبنسر، جندي نخبة سابق حُكم عليه بالإعدام بعد أن تعرض للخيانة من حكومته. وقبل تنفيذ الحكم مباشرة، تقوم منظمة إرهابية بتفجير سلاح تجريبي غامض، مما يغرق المدينة في الفوضى. هذا الانفجار يطلق سلسلة من الأحداث الغريبة المرتبطة بمشروع عسكري سري يعتمد على تقنيات بيولوجية متقدمة. يجد سبنسر نفسه أمام فرصة جديدة للخلاص عندما تصبح ذراعه البيونيكية الفريدة، القادرة على التعلق والتأرجح عبر المباني، المفتاح الوحيد للتنقل داخل المدينة المدمرة. يتم تكليفه بإنقاذ عميل حكومي مخطوف وكشف الحقيقة وراء المؤامرة، فيتعمق داخل أراضٍ معادية وخطيرة. ومع قتاله ضد القوات المعادية، يبدأ في إدراك أن ما حدث لم يكن عشوائياً. وكلما تقدم أكثر، يكشف شبكة من الأكاذيب تربط ماضيه بالجيش وبالكارثة نفسها. وفي النهاية، تتحول مهمته إلى صراع من أجل البقاء ورحلة شخصية لاستعادة اسمه وكشف الحقيقة.

تتبع لعبة Bionic Commando: Rearmed قصة العميل ناثان “R.A.D.” Spencer، وهو جندي عمليات خاصة مزود بذراع بيونيكية قوية بعد تجربة عسكرية فاشلة. يتم إرساله في مهمة حاسمة عندما تكتشف القوات الفيدرالية أن نظام الإمبراطورية القديم يحاول إعادة إحياء مشروع سلاح فتاك يُدعى “Albatross”. خلال المهمة، يتسلل سبنسر إلى مناطق شديدة التحصين تسيطر عليها إمبراطورية Badds. يصبح هدفه الأساسي إنقاذ العميل الأسطوري Super Joe الذي يمتلك معلومات مهمة حول خطط العدو. مع تقدمه، يكتشف الحقيقة وراء مشروع Albatross ونوايا الإمبراطورية لإعادة تشكيل ميزان القوى العالمي. يستخدم ذراعه البيونيكية للتأرجح بين المنصات وتسلق المباني والقضاء على الأعداء. كلما تعمق أكثر، يواجه خيانة وتضحيات تكشف ثمن الحرب الحقيقي. وفي النهاية، يجب عليه مواجهة الدفاعات الأخيرة لإيقاف مشروع Albatross قبل اكتماله.