تدور قصة Bionic Commando حول ناثان “Rad” سبنسر، جندي نخبة سابق حُكم عليه بالإعدام بعد أن تعرض للخيانة من حكومته. وقبل تنفيذ الحكم مباشرة، تقوم منظمة إرهابية بتفجير سلاح تجريبي غامض، مما يغرق المدينة في الفوضى. هذا الانفجار يطلق سلسلة من الأحداث الغريبة المرتبطة بمشروع عسكري سري يعتمد على تقنيات بيولوجية متقدمة. يجد سبنسر نفسه أمام فرصة جديدة للخلاص عندما تصبح ذراعه البيونيكية الفريدة، القادرة على التعلق والتأرجح عبر المباني، المفتاح الوحيد للتنقل داخل المدينة المدمرة. يتم تكليفه بإنقاذ عميل حكومي مخطوف وكشف الحقيقة وراء المؤامرة، فيتعمق داخل أراضٍ معادية وخطيرة. ومع قتاله ضد القوات المعادية، يبدأ في إدراك أن ما حدث لم يكن عشوائياً. وكلما تقدم أكثر، يكشف شبكة من الأكاذيب تربط ماضيه بالجيش وبالكارثة نفسها. وفي النهاية، تتحول مهمته إلى صراع من أجل البقاء ورحلة شخصية لاستعادة اسمه وكشف الحقيقة.