『Bionic Commando』は、元エリート兵士ナサン “Rad” スペンサーの物語である。彼は政府に裏切られた末に死刑を宣告されてしまう。処刑が目前に迫る中、テロ組織が謎の実験兵器を爆発させ、都市は混乱に陥る。この爆発は、高度なバイオテクノロジーを用いた極秘軍事プロジェクトに関連する不可解な出来事を引き起こす。スペンサーは、壁や構造物を掴んで移動できる特殊なバイオニックアームを手にしたことで、崩壊した都市を進むための唯一の手段を得る。誘拐された政府エージェントの救出と陰謀の真相解明を命じられ、彼は敵地へと深く潜入していく。戦いを続けるうちに、この事件が偶然ではないことに気づき始める。進むほどに、彼の過去・軍・そして災害を結ぶ巨大な嘘の網が明らかになっていく。やがて任務は、生存をかけた戦いであると同時に、自らの名誉を取り戻すための個人的な旅へと変わっていく。