Bionic Commando raconte l’histoire de Nathan “Rad” Spencer, un ancien soldat d’élite condamné à mort après avoir été trahi par son propre gouvernement. Juste avant son exécution, une organisation terroriste fait exploser une arme expérimentale mystérieuse, plongeant la ville dans le chaos. L’explosion déclenche une série d’événements étranges liés à un projet militaire secret impliquant des biotechnologies avancées. Spencer obtient une chance de rédemption lorsque son bras bionique unique, capable de s’agripper et de se balancer à travers les environnements, devient la clé pour traverser la ville détruite. Chargé de sauver un agent gouvernemental kidnappé et de découvrir la vérité derrière la conspiration, il s’enfonce en territoire hostile. En combattant les forces ennemies, il comprend que l’incident n’était pas un simple hasard. Plus il avance, plus il découvre un réseau de mensonges reliant son passé, l’armée et la catastrophe. Au final, sa mission devient à la fois une lutte pour survivre et une quête personnelle pour rétablir son nom.