Bionic Commando cuenta la historia de Nathan “Rad” Spencer, un ex soldado de élite condenado a muerte tras ser traicionado por su propio gobierno. Justo antes de su ejecución, una organización terrorista detona un misterioso arma experimental, sumiendo la ciudad en el caos. La explosión desencadena una serie de eventos extraños vinculados a un proyecto militar secreto que involucra biotecnología avanzada. Spencer recibe una oportunidad de redención cuando su exclusivo brazo biónico, capaz de engancharse y balancearse por el entorno, se convierte en la clave para atravesar la ciudad destruida. Encargado de rescatar a un agente gubernamental secuestrado y descubrir la verdad detrás de la conspiración, se adentra en territorio hostil. Mientras lucha contra fuerzas enemigas, Spencer comienza a darse cuenta de que el incidente no fue casual. Cuanto más avanza, más descubre una red de mentiras que conecta su pasado, el ejército y la catástrofe. Al final, su misión se convierte tanto en una lucha por la supervivencia como en una búsqueda personal para limpiar su nombre.