Bionic Commando рассказывает историю Нэйтана “Rad” Спенсера, бывшего элитного солдата, приговорённого к смерти после предательства со стороны собственного правительства. Незадолго до его казни террористическая организация взрывает загадочное экспериментальное оружие, погружая город в хаос. Взрыв запускает цепь странных событий, связанных с секретным военным проектом, основанным на передовых биотехнологиях. Спенсер получает шанс на искупление, когда его уникальная бионическая рука, способная цепляться и раскачиваться между объектами, становится ключом к передвижению по разрушенному городу. Ему поручают спасти похищенного правительственного агента и раскрыть правду о заговоре, и он углубляется во вражескую территорию. Сражаясь с противниками, он понимает, что произошедшее не было случайностью. Чем дальше он продвигается, тем больше раскрывает сеть лжи, связывающую его прошлое, армию и катастрофу. В итоге его миссия превращается одновременно в борьбу за выживание и личный путь к восстановлению своего имени.