Bionic Commando की कहानी Nathan “Rad” Spencer के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक पूर्व elite सैनिक है जिसे उसकी ही सरकार द्वारा धोखा दिए जाने के बाद मौत की सज़ा सुनाई गई है। उसकी फांसी से ठीक पहले, एक आतंकी संगठन एक रहस्यमयी प्रयोगात्मक हथियार को विस्फोटित कर देता है, जिससे पूरा शहर अराजकता में डूब जाता है। यह विस्फोट एक गुप्त सैन्य परियोजना से जुड़े अजीब घटनाक्रमों की श्रृंखला शुरू करता है, जिसमें उन्नत जैव-प्रौद्योगिकी शामिल है। Spencer को एक नया मौका मिलता है जब उसकी अनोखी बायोनिक बांह, जो ग्रैपल करके जगहों पर झूल सकती है, तबाह शहर में आगे बढ़ने का मुख्य साधन बन जाती है। उसे एक अपहृत सरकारी एजेंट को बचाने और साजिश की सच्चाई उजागर करने का मिशन दिया जाता है, और वह दुश्मन क्षेत्र में गहराई तक जाता है। लड़ाई के दौरान उसे एहसास होता है कि यह घटना संयोग नहीं थी। जैसे-जैसे वह आगे बढ़ता है, वह अपने अतीत, सेना और उस तबाही को जोड़ने वाला झूठ का जाल उजागर करता है। अंत में, उसका मिशन जीवित रहने की लड़ाई और अपनी पहचान वापस पाने की व्यक्तिगत यात्रा बन जाता है।