Bionic Commando की कहानी Nathan “Rad” Spencer के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक पूर्व elite सैनिक है जिसे उसकी ही सरकार द्वारा धोखा दिए जाने के बाद मौत की सज़ा सुनाई गई है। उसकी फांसी से ठीक पहले, एक आतंकी संगठन एक रहस्यमयी प्रयोगात्मक हथियार को विस्फोटित कर देता है, जिससे पूरा शहर अराजकता में डूब जाता है। यह विस्फोट एक गुप्त सैन्य परियोजना से जुड़े अजीब घटनाक्रमों की श्रृंखला शुरू करता है, जिसमें उन्नत जैव-प्रौद्योगिकी शामिल है। Spencer को एक नया मौका मिलता है जब उसकी अनोखी बायोनिक बांह, जो ग्रैपल करके जगहों पर झूल सकती है, तबाह शहर में आगे बढ़ने का मुख्य साधन बन जाती है। उसे एक अपहृत सरकारी एजेंट को बचाने और साजिश की सच्चाई उजागर करने का मिशन दिया जाता है, और वह दुश्मन क्षेत्र में गहराई तक जाता है। लड़ाई के दौरान उसे एहसास होता है कि यह घटना संयोग नहीं थी। जैसे-जैसे वह आगे बढ़ता है, वह अपने अतीत, सेना और उस तबाही को जोड़ने वाला झूठ का जाल उजागर करता है। अंत में, उसका मिशन जीवित रहने की लड़ाई और अपनी पहचान वापस पाने की व्यक्तिगत यात्रा बन जाता है।

Bionic Commando: Rearmed की कहानी Nathan “R.A.D.” Spencer पर आधारित है, जो एक विशेष ऑपरेटिव है और एक असफल सैन्य प्रयोग के बाद शक्तिशाली बायोनिक हाथ से लैस है। जब फेडरेशन को पता चलता है कि पुराना इम्पीरियल शासन “Albatross” नामक घातक हथियार परियोजना को फिर से शुरू करने की कोशिश कर रहा है, तब उसे एक महत्वपूर्ण मिशन पर भेजा जाता है। मिशन के दौरान स्पेंसर Badds Empire द्वारा नियंत्रित भारी सुरक्षा वाले क्षेत्रों में घुसपैठ करता है। उसका मुख्य उद्देश्य प्रसिद्ध एजेंट Super Joe को बचाना होता है, जिसके पास दुश्मन की योजनाओं की महत्वपूर्ण जानकारी है। आगे बढ़ते हुए वह Albatross परियोजना और साम्राज्य के विश्व शक्ति बदलने के इरादों का सच जानता है। वह अपने बायोनिक हाथ का उपयोग करके झूलता है, इमारतों पर चढ़ता है और दुश्मनों को हराता है। जैसे-जैसे वह आगे बढ़ता है, उसे विश्वासघात और युद्ध की कीमत का सामना करना पड़ता है। अंत में उसे Albatross को सक्रिय होने से रोकने के लिए अंतिम सुरक्षा बलों का सामना करना पड़ता है।