Bionic Commando: Rearmed की कहानी Nathan “R.A.D.” Spencer पर आधारित है, जो एक विशेष ऑपरेटिव है और एक असफल सैन्य प्रयोग के बाद शक्तिशाली बायोनिक हाथ से लैस है। जब फेडरेशन को पता चलता है कि पुराना इम्पीरियल शासन “Albatross” नामक घातक हथियार परियोजना को फिर से शुरू करने की कोशिश कर रहा है, तब उसे एक महत्वपूर्ण मिशन पर भेजा जाता है। मिशन के दौरान स्पेंसर Badds Empire द्वारा नियंत्रित भारी सुरक्षा वाले क्षेत्रों में घुसपैठ करता है। उसका मुख्य उद्देश्य प्रसिद्ध एजेंट Super Joe को बचाना होता है, जिसके पास दुश्मन की योजनाओं की महत्वपूर्ण जानकारी है। आगे बढ़ते हुए वह Albatross परियोजना और साम्राज्य के विश्व शक्ति बदलने के इरादों का सच जानता है। वह अपने बायोनिक हाथ का उपयोग करके झूलता है, इमारतों पर चढ़ता है और दुश्मनों को हराता है। जैसे-जैसे वह आगे बढ़ता है, उसे विश्वासघात और युद्ध की कीमत का सामना करना पड़ता है। अंत में उसे Albatross को सक्रिय होने से रोकने के लिए अंतिम सुरक्षा बलों का सामना करना पड़ता है।