Bionic Commando: Rearmedは、失敗した軍事実験の結果として強力なバイオニックアームを手に入れた特殊工作員ナサン “R.A.D.” Spencerの物語である。連邦軍は、旧帝国勢力が破壊兵器プロジェクト“Albatross”を復活させようとしていることを発見し、彼を重要任務に送り込む。スパンサーは任務中、Badds Empireが支配する強固に防衛された地域へ潜入する。彼の主な目的は、敵の計画に関する重要情報を持つ伝説のエージェントSuper Joeを救出することだ。進むにつれて彼はAlbatross計画の真実と、帝国の世界秩序再編の意図を知る。バイオニックアームを使い、壁を渡り、建物を登り、敵を排除していく。進行するほど裏切りや戦争の代償に直面することになる。最終的に彼はAlbatross発動を阻止するため、最後の防衛線に立ち向かう。