Bionic Commando: Rearmed acompanha a história de Nathan “R.A.D.” Spencer, um agente de operações especiais equipado com um braço biônico poderoso após um experimento militar fracassado. Ele é enviado em uma missão crítica quando a Federação descobre que o antigo regime imperial tenta reativar um projeto de arma destrutiva chamado “Albatross”. Durante a operação, Spencer infiltra-se em territórios fortemente fortificados controlados pelo Império Badds. Seu principal objetivo passa a ser resgatar o lendário agente Super Joe, que possui informações essenciais sobre os planos inimigos. À medida que avança, ele descobre a verdade sobre o projeto Albatross e as intenções do Império de remodelar o equilíbrio global. Usando seu braço biônico, ele se balança entre plataformas, escala estruturas e elimina inimigos. Quanto mais progride, mais enfrenta traições e os sacrifícios da guerra. No final, ele precisa enfrentar as últimas defesas para impedir a ativação do “Albatross”.