تتبع لعبة Bionic Commando: Rearmed قصة العميل ناثان “R.A.D.” Spencer، وهو جندي عمليات خاصة مزود بذراع بيونيكية قوية بعد تجربة عسكرية فاشلة. يتم إرساله في مهمة حاسمة عندما تكتشف القوات الفيدرالية أن نظام الإمبراطورية القديم يحاول إعادة إحياء مشروع سلاح فتاك يُدعى “Albatross”. خلال المهمة، يتسلل سبنسر إلى مناطق شديدة التحصين تسيطر عليها إمبراطورية Badds. يصبح هدفه الأساسي إنقاذ العميل الأسطوري Super Joe الذي يمتلك معلومات مهمة حول خطط العدو. مع تقدمه، يكتشف الحقيقة وراء مشروع Albatross ونوايا الإمبراطورية لإعادة تشكيل ميزان القوى العالمي. يستخدم ذراعه البيونيكية للتأرجح بين المنصات وتسلق المباني والقضاء على الأعداء. كلما تعمق أكثر، يواجه خيانة وتضحيات تكشف ثمن الحرب الحقيقي. وفي النهاية، يجب عليه مواجهة الدفاعات الأخيرة لإيقاف مشروع Albatross قبل اكتماله.