Bionic Commando: Rearmed sigue la historia de Nathan “R.A.D.” Spencer, un agente de operaciones especiales equipado con un poderoso brazo biónico tras un experimento militar fallido. Es enviado a una misión crítica cuando la Federación descubre que el antiguo régimen imperial intenta reactivar un proyecto de arma devastadora llamado “Albatross”. Durante la operación, Spencer se infiltra en territorios fuertemente fortificados controlados por el Imperio Badds. Su principal objetivo es rescatar al legendario agente Super Joe, quien posee información clave sobre los planes enemigos. A medida que avanza, descubre la verdad detrás del proyecto Albatross y las intenciones del Imperio de remodelar el equilibrio mundial. Usando su brazo biónico, se balancea entre plataformas, escala estructuras y elimina enemigos. Cuanto más progresa, más enfrenta traiciones y el costo de la guerra. Al final, debe enfrentarse a las últimas defensas para evitar la activación de “Albatross”.