Half-Life: Source 延续原版 Half-Life 的核心故事，并使用 Source 引擎进行画面与物理升级。玩家扮演 Gordon Freeman，他在 Black Mesa Research Facility 工作，一次实验事故引发灾难。在对异常水晶样本测试时发生“resonance cascade”，开启通往异世界的传送门。敌对生物涌入设施造成混乱与破坏。军方被派来控制局势，但奉命消灭外星生物和幸存者。Gordon 在崩塌的设施中战斗前进，逐渐揭开灾难与秘密实验的真相。最终他试图逃离 Black Mesa，同时被 G-Man 暗中观察与操控。