Half-Life: Sourceは、オリジナルのHalf-Lifeと同じ基本的な物語を、Sourceエンジンによる改良されたグラフィックと物理演算で再構築した作品です。プレイヤーはGordon Freemanとして、Black Mesa Research Facilityで働く理論物理学者となります。通常の実験が壊滅的な事故へと発展し、異常な結晶サンプルの試験中に“resonance cascade”が発生し、異世界へのポータルが開きます。敵対的な生物が施設に侵入し混乱と破壊が広がります。軍が派遣されますが、エイリアンと生存者の排除命令が出されます。Gordonは崩壊する施設を進み、敵と戦い続けます。災害の真相と秘密実験を知りながら、Black Mesaからの脱出を目指し、G-Manに監視され続けます。