Half-Life: Source suit la même histoire principale que le jeu original Half-Life, réimaginée avec le moteur Source aux graphismes et à la physique améliorés. Vous incarnez Gordon Freeman, un physicien théoricien travaillant dans le Black Mesa Research Facility, où une expérience de routine tourne à la catastrophe. Lors d’un test impliquant un échantillon cristallin anormal, un “resonance cascade” se produit, ouvrant des portails vers une autre dimension. Des créatures hostiles envahissent l’installation, provoquant chaos et destruction. L’armée est envoyée pour contenir la situation mais reçoit l’ordre d’éliminer à la fois les aliens et les survivants. Gordon doit traverser le complexe en ruine, combattant créatures et soldats. Il découvre peu à peu l’ampleur du désastre et les expériences secrètes du laboratoire. L’histoire culmine dans sa tentative d’évasion de Black Mesa, tandis qu’il est observé par le mystérieux G-Man.