Half-Life: Source मूल Half-Life की वही मुख्य कहानी को दर्शाता है, जिसे Source इंजन के बेहतर ग्राफिक्स और फिजिक्स के साथ फिर से बनाया गया है। आप Gordon Freeman की भूमिका निभाते हैं, जो Black Mesa Research Facility में काम करने वाला एक सैद्धांतिक भौतिक विज्ञानी है, जहाँ एक सामान्य प्रयोग भयावह दुर्घटना में बदल जाता है। एक असामान्य क्रिस्टल नमूने पर परीक्षण के दौरान एक “resonance cascade” होती है, जिससे दूसरी आयाम की ओर पोर्टल खुल जाते हैं। शत्रु जीव प्रयोगशाला में घुसकर भारी तबाही मचाने लगते हैं। सेना को स्थिति नियंत्रित करने के लिए भेजा जाता है, लेकिन उन्हें एलियंस और बचे हुए वैज्ञानिकों दोनों को खत्म करने का आदेश मिलता है। Gordon टूटते हुए परिसर में आगे बढ़ते हुए लड़ाई करता है। वह इस आपदा और गुप्त प्रयोगों की सच्चाई जानता है। कहानी Black Mesa से उसके भागने के साथ समाप्त होती है, जबकि G-Man उसे लगातार देख और नियंत्रित कर रहा होता है।