Half-Life: Source sigue la historia principal del Half-Life original, reimaginada con el motor Source y mejoras gráficas y físicas. Juegas como Gordon Freeman en el Black Mesa Research Facility, donde un experimento rutinario se convierte en una catástrofe. Durante una prueba con un cristal anómalo ocurre una “resonance cascade” que abre portales a otra dimensión. Criaturas hostiles invaden la instalación causando caos y destrucción. El ejército es enviado para contener la situación, pero recibe órdenes de eliminar aliens y supervivientes. Gordon atraviesa el complejo en ruinas, luchando contra enemigos. Descubre la verdad del desastre y los experimentos secretos. La historia culmina con su huida de Black Mesa bajo la vigilancia de G-Man.