Half-Life: Source segue a mesma história do Half-Life original, reimaginada com o motor Source e gráficos e física aprimorados. Você controla Gordon Freeman, um físico teórico no Black Mesa Research Facility, onde um experimento de rotina se torna uma catástrofe. Durante um teste com um cristal anômalo ocorre uma “resonance cascade”, abrindo portais para outra dimensão. Criaturas hostis invadem a instalação, causando caos e destruição. O exército é enviado para conter a situação, mas recebe ordens de eliminar aliens e sobreviventes. Gordon atravessa o complexo em ruínas, lutando contra criaturas e soldados. Ele descobre a verdade sobre o desastre e os experimentos secretos. A história culmina em sua fuga de Black Mesa, enquanto é observado pelo misterioso G-Man.