Half-Life: Source сохраняет сюжет оригинальной Half-Life, переосмысленный с использованием движка Source. Gordon Freeman работает в Black Mesa Research Facility, где эксперимент приводит к катастрофе. Во время теста с аномальным кристаллом происходит “resonance cascade”, открывая порталы в другое измерение. В комплекс начинают проникать враждебные существа. Армия получает приказ уничтожать и пришельцев, и выживших. Gordon пробирается через разрушенный комплекс, сражаясь с врагами. Он узнаёт масштабы катастрофы и тайные эксперименты. История заканчивается его попыткой побега из Black Mesa под наблюдением G-Man.