Halo Wars 2: Complete Edition 的故事发生在初代 Halo Wars 近三十年之后，UNSC Spirit of Fire 的船员从漫长的冷冻休眠中苏醒，抵达神秘的 Ark，却发现这里已经落入冷酷军阀 Atriox 和其强大势力 Banished 的掌控之中。由于与人类主力失去联系且无法获得任何增援，James Cutter、Ellen Anders 及其同伴不得不展开一场艰苦的战役，对抗实力远超自己的敌人。在旅途中，他们揭开了古老 Forerunner 的秘密，建立了意想不到的联盟，并面对足以改变整个银河命运的巨大威胁。随着战争不断升级，他们的智慧、勇气与牺牲精神都经受着严峻考验。Complete Edition 还收录了 Awakening the Nightmare 扩展剧情，讲述 Banished 面对可怕的 Flood 再度降临，被迫与昔日的敌人共同迎战更加危险的威胁。