تدور أحداث Halo Wars 2: Complete Edition بعد ما يقرب من ثلاثة عقود من أحداث Halo Wars الأصلية، حيث يستيقظ طاقم السفينة UNSC Spirit of Fire من السبات الطويل ليصل إلى منشأة Ark الغامضة، ليجدها خاضعة لسيطرة القائد الحربي القاسي Atriox وفصيله القوي Banished. ومع انقطاعهم عن بقية البشرية وغياب أي تعزيزات، يقود James Cutter وEllen Anders وحلفاؤهم حملة يائسة ضد عدو يفوقهم قوة. وخلال رحلتهم يكتشفون أسرارًا قديمة تعود إلى حضارة Forerunner، ويعقدون تحالفات غير متوقعة، ويواجهون تهديدات قد تغير مصير المجرة بأكملها. ومع تصاعد الصراع، تُختبر عزيمتهم وذكاؤهم في معركة لا يتحقق فيها النصر إلا بالتخطيط والتضحية والشجاعة. كما تتضمن النسخة الكاملة إضافة Awakening the Nightmare، التي تقدم حملة جديدة يواجه فيها Banished العودة المرعبة لـ Flood، مما يجبر الأعداء القدامى على مواجهة خطر أعظم.