События Halo Wars 2: Complete Edition разворачиваются почти через три десятилетия после оригинальной Halo Wars, когда экипаж UNSC Spirit of Fire выходит из криосна и прибывает на загадочный Ark, оказавшийся под властью безжалостного военачальника Atriox и его могущественной группировки Banished. Оказавшись отрезанными от остального человечества и без надежды на подкрепление, James Cutter, Ellen Anders и их союзники начинают отчаянную кампанию против превосходящего противника. По пути они раскрывают древние тайны Forerunner, заключают неожиданные союзы и сталкиваются с угрозами, способными изменить судьбу всей галактики. По мере усиления конфликта их решимость, смекалка и готовность к самопожертвованию проходят суровое испытание. В Complete Edition также входит дополнение Awakening the Nightmare, где Banished сталкиваются с ужасающим возвращением Flood, вынуждающим давних врагов объединиться перед лицом ещё большей опасности.