Halo Wars 2: Complete Edition की कहानी मूल Halo Wars की घटनाओं के लगभग तीन दशक बाद शुरू होती है, जब UNSC Spirit of Fire का दल लंबी क्रायो-नींद से जागकर रहस्यमयी Ark पर पहुँचता है। वहाँ उन्हें पता चलता है कि इस स्थान पर निर्दयी युद्ध सरदार Atriox और उसके शक्तिशाली गुट Banished का कब्ज़ा है। बाकी मानवता से कटे हुए और बिना किसी सहायता के, James Cutter, Ellen Anders और उनके साथी एक बेहद कठिन अभियान शुरू करते हैं। इस यात्रा में वे प्राचीन Forerunner रहस्यों का पता लगाते हैं, अप्रत्याशित सहयोगी बनाते हैं और ऐसे खतरों का सामना करते हैं जो पूरी आकाशगंगा का भविष्य बदल सकते हैं। जैसे-जैसे संघर्ष बढ़ता है, उनकी बुद्धिमत्ता, साहस और बलिदान की परीक्षा होती है। Complete Edition में Awakening the Nightmare विस्तार भी शामिल है, जिसमें Banished को भयानक Flood की वापसी का सामना करना पड़ता है, जिससे पुराने दुश्मनों को भी एक और बड़े खतरे के विरुद्ध लड़ना पड़ता है।