Ambientado quase três décadas após Halo Wars, Halo Wars 2: Complete Edition acompanha a tripulação da UNSC Spirit of Fire, que desperta da criogenia e chega à misteriosa Ark, apenas para descobrir que ela está sob o domínio do implacável líder de guerra Atriox e de sua poderosa facção, os Banished. Isolados do restante da humanidade e sem reforços, James Cutter, Ellen Anders e seus aliados iniciam uma campanha desesperada contra um inimigo esmagador. Durante a jornada, eles descobrem antigos segredos dos Forerunner, formam alianças inesperadas e enfrentam ameaças capazes de mudar o destino da galáxia. À medida que o conflito se intensifica, sua coragem, estratégia e espírito de sacrifício são colocados à prova. A Complete Edition também inclui a expansão Awakening the Nightmare, na qual os Banished enfrentam o terrível retorno dos Flood, obrigando antigos inimigos a combater um perigo ainda maior.