Halo Wars 2: Complete Edition は、オリジナルの Halo Wars から約30年後を舞台に、長い冷凍睡眠から目覚めた UNSC Spirit of Fire の乗組員が謎に包まれた Ark に到着するところから始まります。しかし、そこは冷酷な戦士 Atriox と強大な勢力 Banished に支配されていました。人類本隊から孤立し、増援も望めない中、James Cutter、Ellen Anders、そして仲間たちは圧倒的な敵に立ち向かう絶望的な戦いへ挑みます。彼らは旅の中で古代 Forerunner の秘密を発見し、思いがけない協力関係を築きながら、銀河の未来を左右する脅威に直面します。戦いが激化するにつれ、戦略、犠牲、そして揺るぎない勇気が勝利への鍵となります。さらに Complete Edition には Awakening the Nightmare が収録されており、Banished が恐るべき Flood の復活に立ち向かう新たな物語も楽しめます。