Se déroulant près de trois décennies après Halo Wars, Halo Wars 2: Complete Edition suit l'équipage de l'UNSC Spirit of Fire, qui se réveille de son long sommeil cryogénique pour découvrir que l'Ark est désormais sous le contrôle du redoutable chef de guerre Atriox et de sa puissante faction, les Banished. Coupés du reste de l'humanité et privés de renforts, James Cutter, Ellen Anders et leurs alliés doivent mener une campagne désespérée contre un ennemi supérieur en nombre et en puissance. Au fil de leur mission, ils découvrent d'anciens secrets des Forerunner, concluent des alliances inattendues et affrontent des menaces capables de bouleverser le destin de la galaxie. Alors que la guerre s'intensifie, leur détermination et leur ingéniosité sont mises à rude épreuve dans une lutte où stratégie, sacrifice et courage sont essentiels. L'édition complète inclut également l'extension Awakening the Nightmare, dans laquelle les Banished affrontent le retour terrifiant des Flood, les contraignant à faire face à un danger encore plus grand.