Ambientado casi tres décadas después de Halo Wars, Halo Wars 2: Complete Edition sigue a la tripulación de la UNSC Spirit of Fire, que despierta de su largo sueño criogénico y llega a la misteriosa Ark, solo para descubrir que está bajo el control del despiadado caudillo Atriox y su poderosa facción, los Banished. Aislados del resto de la humanidad y sin posibilidad de recibir refuerzos, James Cutter, Ellen Anders y sus aliados emprenden una campaña desesperada contra un enemigo muy superior. Durante su misión descubren antiguos secretos de los Forerunner, forjan alianzas inesperadas y se enfrentan a amenazas capaces de cambiar el destino de la galaxia. A medida que la guerra se intensifica, su ingenio, valentía y espíritu de sacrificio son puestos a prueba. La Complete Edition también incluye la expansión Awakening the Nightmare, en la que los Banished deben enfrentarse al aterrador regreso de los Flood, obligando a viejos enemigos a combatir una amenaza aún mayor.