Assassin’s Creed IIはイタリア・ルネサンス時代を舞台に、歴史フィクションとAssassinsとTemplarsの対立を描く作品です。物語はDesmond MilesがAnimusを使い、祖先Ezio Auditore da Firenzeの記憶を体験しながら未来の危機を防ぐための秘密を探るところから始まります。Ezioは最初、自由気ままな若い貴族でしたが、父と兄弟が陰謀によって処刑されたことで人生が一変します。復讐のためにAssassinとなり、敵を追う中でより大きなTemplarの陰謀に気づきます。彼はLeonardo da Vinciのような歴史的人物と出会い、フィレンツェやヴェネツィアを旅します。やがてEzioは成長し、組織の本当の目的を理解します。物語はRodrigo Borgiaとの対決と古代の遺物の秘密の発見へと至ります。個人的な復讐と自由・支配の哲学的対立が描かれています。