Assassin’s Creed II इटैलियन पुनर्जागरण के समय पर आधारित है और ऐतिहासिक कल्पना के साथ Assassins और Templars के बीच संघर्ष को दिखाता है। कहानी Desmond Miles का अनुसरण करती है, जो Animus के जरिए अपने पूर्वज Ezio Auditore da Firenze की यादों को जीता है ताकि रहस्यों को उजागर कर सके और भविष्य की आपदा को रोक सके। Ezio की कहानी में, वह एक बेफिक्र युवा कुलीन के रूप में शुरू करता है, लेकिन उसके पिता और भाइयों की साजिश में हत्या के बाद उसकी जिंदगी बदल जाती है। बदले की भावना से वह Assassin बनता है और दोषियों का पीछा करता है, जिससे एक बड़े Templar षड्यंत्र का पता चलता है। यात्रा के दौरान वह Leonardo da Vinci जैसे ऐतिहासिक व्यक्तियों से मिलता है और Florence व Venice जैसे शहरों में जाता है। समय के साथ Ezio परिपक्व होता है और Brotherhood के उद्देश्य को समझता है। अंत में वह Rodrigo Borgia का सामना करता है और प्राचीन रहस्यों का खुलासा होता है। यह कहानी बदले, स्वतंत्रता और नियंत्रण के बीच संतुलन दिखाती है।