Assassin’s Creed II se déroule pendant la Renaissance italienne et mêle fiction historique et conflit ancien entre Assassins et Templiers. L’histoire suit Desmond Miles qui revit les souvenirs de son ancêtre Ezio Auditore da Firenze grâce à l’Animus pour découvrir des secrets et empêcher une catastrophe future. Dans la période d’Ezio, il commence comme un jeune noble insouciant avant que sa vie ne bascule après l’exécution de son père et de ses frères à cause d’une conspiration politique. Poussé par la vengeance, il devient Assassin et traque les responsables, découvrant un complot bien plus vaste des Templiers. Il rencontre des figures historiques comme Leonardo da Vinci et explore Florence et Venise. Avec le temps, Ezio évolue et comprend la véritable mission de la Confrérie. L’histoire culmine avec un affrontement contre Rodrigo Borgia et des révélations sur d’anciens artefacts. Elle mêle ainsi vengeance personnelle et réflexion sur la liberté et le contrôle.