تدور أحداث Assassin’s Creed II في عصر النهضة الإيطالية، حيث تمزج بين الخيال التاريخي وصراع قديم بين الأساسنز والتمبلرز. تتبع القصة Desmond Miles الذي يعيش ذكريات سلفه Ezio Auditore da Firenze عبر جهاز Animus لاكتشاف أسرار ومنع كارثة مستقبلية. في خط Ezio الزمني، يبدأ كشاب نبيل مستهتر قبل أن تتغير حياته بعد إعدام والده وإخوته بسبب مؤامرة سياسية. بدافع الانتقام، يتدرب ليصبح Assassin ويلاحق المسؤولين، ليكتشف مؤامرة أوسع يتحكم فيها التمبلرز. خلال رحلته، يلتقي بشخصيات تاريخية مثل Leonardo da Vinci ويستكشف مدنًا مثل فلورنسا والبندقية. مع مرور الوقت، ينضج Ezio ويفهم الهدف الحقيقي للأخوية. تنتهي القصة بمواجهة مع Rodrigo Borgia وكشف أسرار قطع أثرية قديمة. في النهاية، تمزج القصة بين الانتقام الشخصي وصراع فلسفي حول الحرية والسيطرة ومستقبل البشرية.